En virtud de la evolución administrativa del Reino de Aragón, Lobera de Onsella ha sido lugar (calidad consignada en 1495) y villa (según consta en 1785), y ha pertenecido al Merinado de Ejea (fines del siglo XIII), la Sobrecudilla de Tarazona (segunda mitad del siglo XV), la vereda de Tarazona (siglo XVII) y el Corregimiento de Cinco Villas, desde 1711 hasta la creación de su propio Ayuntamiento en la primera mitad del siglo XIX, en virtud de diversas disposiciones legales que arrancan de la extinción de los señoríos (Decreto de las Cortes de Cádiz de 6 de agosto de 1811), especialmente las comprendidas entre el Real Decreto de 2 de febrero de 1833, con disposiciones provisionales para ayuntamientos, y la Constitución de 1837, cuyos artículos 70-71 preceptúan la existencia y papel de los mismos. A su vez, el Ayuntamiento de Lobera de Onsella ha pertenecido desde su creación al partido judicial de Ejea de los Caballeros. En virtud de la división comarcal aprobada por la Diputación General de Aragón, según la Ley 8/1996, de 2 de diciembre (BOA, núm. 145, de 11 de diciembre de 1996), y la relación publicada en el Boletin Oficial de Aragón, núm. 76, del 30 de junio de 1998, Lobera de Onsella ha quedado adscrita a la comarca de las Cinco Villas.
Eclesiásticamente, Lobera de Onsella aparece vinculada a la diócesis de Pamplona desde el siglo XI y, en particular, se inscribe en el arcedianato, luego arciprestazgo de la Valdonsella al menos desde 1163, fecha en la que Alfonso II expide sendos mandatos en los que ordena por una parte a su merino y por otra a los habitantes de dicha comarca que reconozcan su obediencia a Ramón, obispo de Pamplona, y que se dé posesión del arcedianato de la Valdonsella a Sancho de Orchier, nombrado por dicho obispo. Sin embargo, la autoridad eclesiástica sobre la parroquia de Lobera de Onsella fue objeto de numerosos litigios. Ya a finales del siglo XI, los territorios de la Valdonsella fueron objeto de disputa entre el obispo de Pamplona y el de Jaca-Huesca. Al parecer, la disputa se inició a partir de que el obispo infante don García anexionase esa zona fronteriza a la diócesis de Jaca cuando tuvo en encomienda el obispado pamplonés (1077-1084), como muestra la bula de Gregorio VII de 1084 ó 1085. Esta apropiación llevó al obispo Pedro de Pamplona a obtener sendas bulas de Urbano II, en 1097, y de Pascual II, en 1100, que confirmaban los antiguos límites de la diócesis navarra. Desde Jaca se intento contrarrestar dichas bulas con la inclusión en las actas del supuesto Concilio de Jaca de 1063 de una concesión regia de las iglesias de esa zona a la diócesis jacetana por parte de Ramiro I y Sancho Ramírez. Sin embargo, nuevas bulas papales de Inocencio II en 1135, de Celestino II en 1144 y de Celestino III en 1196 ratificaron los límites orientales del obispado pamplonés.
En lo relativo a los habitantes de Lobera de Onsella, se advierte una evolución lenta y poco marcada, con un paulatino descenso en los últimos años. En el fogaje o censo fiscal de 1498 se cifra su población en 15 fuegos (u hogares), cantidad que se duplica, con 20 fuegos, en el de 1495, cifra que se mantiene, al menos a efectos fiscales, con los fogajes de 1543 y 1609, para aumentar a 30 en el de 1646, que se mantienen en los 30 vecinos (o núcleos familiares) del censo de 1713, drásticamente reducidos a 17 vecinos en los de 1717 y 1722, así como en el vecindario general de 1718, levemente subidos a 19 en el censo de 1787. No obstante, estas últimas cifras son dudosas, probablemente un mero artificio fiscal, pues ya en el vecindario general de 1776 se contaban 60 vecinos, lo cual cuadra mejor con el censo de 1797, en el que se computan 63. Hasta finales del siglo XIX Lobera de Onsella continuó con un lento crecimiento: de 320 almas hacia 1845 pasa a contar con 545 habitantes según censo de 1857, que descienden levemente a 485 en el de 1900, para ascender a 518 en 1916, cifra máxima de la población de Lobera de Onsella, que después bajaría levemente a 504 en el censo de 1920, para experimentar una continuada reducción en los años siguientes, pasando a 462 habitantes en el censo de 1950, que disminuyen a 224 en 1970 y a 141 en 1978, reducidos a 103 en 1981, para llegar a los 55 de la actualidad, según revisión del padrón municipal a 1/1/2001.